Exploring Genomic Relations at the Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

Obiectivul central al XGR este de a oferi un sistem de interpretare a datelor. Acesta este conceput pentru a face ca o listă de gene sau SNP definită de utilizator să fie mai ușor de interpretat prin utilizarea cuprinzătoare a informațiilor ontologice și de rețea pentru a dezvălui relațiile și a spori oportunitățile de descoperire biologică. XGR este unic prin faptul că suportă o gamă largă de ontologii (inclusiv cunoștințe despre funcții biologice și moleculare, căi, boli și fenotipuri – atât la om, cât și la șoarece) și diferite tipuri de rețele (inclusiv interacțiuni funcționale, fizice și de căi). Există două funcționalități de bază ale XGR. Prima este reprezentată de infrastructurile de bază pentru accesul ușor la ontologiile și rețelele încorporate. A doua este reprezentată de funcții extensibile, care includ în prezent 1) analiza îmbogățirii folosind fie ontologii încorporate, fie ontologii personalizate, 2) analiza similitudinii pentru calcularea similarității semantice între gene (sau SNP) pe baza profilurilor lor de adnotare ontologică și 3) analiza rețelelor pentru identificarea rețelelor de gene având în vedere o listă de gene (semnificative) sau SNP interogate. Împreună cu aplicația sa web, XGR își propune să ofere un instrument ușor de utilizat pentru explorarea relațiilor genomice la nivel de gene și SNP.