Un proces critic în dezvoltarea embrionară este activarea și localizarea spațială a ARNm în celule și teritorii specifice ale embrionului. Dezvăluirea distribuției spațiale a ARNm și a modului în care aceasta se modifică în timpul dezvoltării este o informație vitală care ajută la înțelegerea genelor de semnalizare și de reglementare care conduc rețelele specifice de reglementare genetică. În laborator, o metodă eficientă din punct de vedere al costurilor și fiabilă de determinare a distribuției spațiale a ARNm în embrioni este hibridizarea in situ. Această metodă sensibilă și simplă utilizează sonde de ARN antisens exogene pentru a găsi secvențe specifice și complementare în embrionii fixați. Părțile antigenice conjugate cu ribonucleotidele încorporate în sondă reacționează încrucișat cu anticorpii, iar numeroase metode de colorare pot fi utilizate ulterior pentru a evidenția distribuția spațială a ARNm vizat. Calitatea datelor obținute prin această metodă este echivalentă cu experiența cercetătorului și, prin urmare, o înțelegere aprofundată a numeroaselor etape care compun această metodă este importantă pentru obținerea de date de înaltă calitate. În cele ce urmează, compilăm și rezumăm mai multe protocoale care au fost utilizate în principal pe cinci specii de arici de mare în numeroase laboratoare din întreaga lume. În timp ce protocoalele pot varia în funcție de diferitele specii, etapele generale sunt similare și pot fi ușor de stăpânit. Atunci când este întreprinsă în mod corespunzător și cu atenție, hibridizarea in situ este un instrument puternic care furnizează date lipsite de ambiguitate pentru care nu există în prezent un substitut comparabil și va continua să fie o metodă importantă în era big data și nu numai.

.