Dois estudos posteriores nos anos 90 deram resultados mistos. Um foi uma análise de ligação cromossômica X de 54 pares de irmãos gays realizada pelo grupo independente de pesquisa de Sanders et al. em 1998. Os resultados do estudo foram indistinguíveis dos resultados do estudo de Hu et al.: ambos relataram que a localização cromossômica da partilha máxima foi locus DXS1108 e ambos relataram graus semelhantes de partilha de alelos (66% versus 67%). O segundo estudo de Rice et al., em 1999, estudou 52 pares de irmãos gays canadenses e não encontrou ligação estatisticamente significativa em alelos e haplótipos. Consequentemente, eles concluíram contra a possibilidade de qualquer gene na região Xq28 ter uma grande influência genética na orientação sexual masculina (embora não pudessem descartar a possibilidade de um gene nessa região ter uma pequena influência). Rice et al. também afirmaram que seus resultados não excluem a possibilidade de encontrar genes da homossexualidade masculina em outros lugares do genoma. Hamer criticou o estudo por não selecionar famílias para sua população de estudo com base na transmissão materna, já que a seleção apenas de famílias que mostram um excesso de parentes gays maternos é necessária para detectar a ligação Xq28. Uma meta-análise de todos os dados disponíveis naquele momento (i.e, Hamer et al. (1993), Hu et al. (1995), Rice et al. (1999), e o estudo inédito de 1998 de Sanders et al. indicaram que Xq28 tem um papel significativo mas não exclusivo na orientação sexual masculina.

Os autores da meta-análise (que incluiu três autores do estudo Rice et al. Rice, Risch e Ebers) apresentaram várias razões metodológicas pelas quais Rice et al. (1999) podem não ter sido capazes de detectar uma ligação estatisticamente significativa entre Xq28 e a orientação sexual masculina: as famílias genotipadas por Rice et al. não eram representativos, pois tinham um excesso de parentes paternais ao invés de parentes gays maternos, obscurecendo assim a exibição de qualquer ligação cromossômica X; o poder estatístico de sua amostra era insuficiente para detectar adequadamente a ligação e faltavam critérios definidos para o que constituía como homossexualidade (os pesquisadores dependiam de seu próprio julgamento e às vezes baseavam seu julgamento em uma única questão para o sujeito). Eles também não tinham critérios “para selecionar famílias apropriadas para o estudo de um suposto locus ligado ao X” – como eles não selecionaram famílias com base na presença de transmissão materna de homossexualidade, a contribuição Xq28 para a orientação sexual masculina pode ter sido escondida. Além disso, a meta-análise revelou que os dados de pedigree familiar de Rice et al. (1999), em contraste com os dados de genotipagem, pareciam suportar a ligação cromossômica X para a homossexualidade.

Em 2012, um grande e abrangente estudo de ligação genômica da orientação sexual masculina foi conduzido por vários grupos independentes de pesquisadores. A população do estudo incluiu 409 pares independentes de irmãos gays de 384 famílias, que foram analisados com mais de 300.000 marcadores de polimorfismo de um único nucleotídeo. O estudo confirmou a ligação do Xq28 com a homossexualidade através do mapeamento do escore LOD de dois pontos e multipontos (MERLIN). Também foi detectada uma ligação significativa na região próxima ao centrômero do cromossomo 8, sobrepondo-se a uma das regiões detectadas em um estudo anterior de ligação genome-base pelo laboratório Hamer. Os autores concluíram que “nossos achados, tomados em contexto com trabalhos anteriores, sugerem que a variação genética em cada uma dessas regiões contribui para o desenvolvimento do importante traço psicológico da orientação sexual masculina”. Foi o maior estudo da base genética da homossexualidade até hoje e foi publicado online em novembro de 2014.

Em agosto de 2019, um estudo de associação de 493.001 indivíduos em todo o genoma concluiu que centenas ou milhares de variantes genéticas estão subjacentes ao comportamento homossexual em ambos os sexos, com 5 variantes em particular sendo significativamente associadas. Eles afirmaram que, ao contrário dos estudos de ligação que encontraram associação substancial de orientação sexual com variantes no cromossomo X, eles não encontraram excesso de sinal (e nenhuma variante significativa individual em todo o genoma) no Xq28 ou no resto do cromossomo X.