Sievers foi julgado durante o Julgamento dos Médicos em Nuremberga após o fim da Segunda Guerra Mundial, onde foi apelidado de “o Barba Azul Nazista” pelo jornalista William L. Shirer por causa da sua “barba espessa e negra de tinta”. O Instituto de Pesquisa Científica Militar tinha sido criado como parte do Ahnenerbe, e a acusação em Nuremberg colocou a responsabilidade pelas experiências em humanos que tinham sido conduzidas sob os seus auspícios no Ahnenerbe. Sievers, como seu mais alto oficial administrativo, foi acusado de ajudar e promover ativamente as experiências criminais.

Sievers foi acusado de ser membro de uma organização declarada criminosa pelo Tribunal Militar Internacional (SS), e foi implicado na comissão de crimes de guerra e crimes contra a humanidade. Em sua defesa, ele alegou que já em 1933 havia sido membro de um movimento de resistência anti-Nazista que planejava assassinar Hitler e Himmler, e que havia obtido sua nomeação como Gerente do Ahnenerbe para se aproximar de Himmler e observar seus movimentos. Ele alegou ainda que permaneceu no cargo a conselho do seu líder da resistência para recolher informações vitais que o ajudariam a derrubar o regime nazista.

Sievers foi condenado à morte em 20 de agosto de 1947 por crimes contra a humanidade, e enforcado em 2 de junho de 1948, na prisão de Landsberg na Baviera.