Jenner nasceu em Chatham a 30 de Janeiro de 1815, e estudou na University College London. Tornou-se membro do Royal College of Surgeons of England (M.R.C.S.) em 1837, Fellow do Royal College of Physicians (F.R.C.P.) em 1852, e em 1844 tomou o M.D. de Londres.

Em 1847 começou no London Fever Hospital a investigar casos de febre contínua, o que lhe permitiu finalmente fazer a distinção entre tifo e tifo, sobre os quais repousa principalmente a sua reputação como patologista, publicando o seu livro “On the Identity or Non-Identity of Typhoid and Typhus Fever” em 1850. Em 1849 foi nomeado professor de anatomia patológica no Colégio Universitário, e também médico assistente do Hospital Universitário, onde posteriormente se tornou médico (1854-1876) e médico consultor (1879), além de realizar consultas similares em outros hospitais. Foi também sucessivamente Professor Holme de Medicina Clínica e professor dos princípios e prática da medicina no University College London.

Foi eleito Presidente da Sociedade Epidemiológica em 1866-1868, da Sociedade Patológica em 1873-1875 e da Sociedade Clínica em 1875. Ele foi presidente do Royal College of Physicians de 1881 a 1888, onde proferiu as Palestras Goulstonian em 1853. Foi eleito Fellow da Royal Society (F.R.S.) em 1864 e recebeu títulos honoríficos da Universidade de Oxford, Universidade de Cambridge, e Universidade de Edimburgo. Em 1861 foi nomeado Médico Extraordinário (Q.H.P.), e em 1862 Médico em Ordinário, para a Rainha Vitória, e em 1863 Médico em Ordinário para o Príncipe de Gales; assistiu tanto ao príncipe consorte como ao príncipe de Gales em seus ataques de febre tifóide. Em 1868 foi criado um baronete.

Como consultor, Sir William Jenner tinha uma grande reputação, e deixou uma grande fortuna quando morreu, no Bispo Waltham, Hants, em 11 de dezembro de 1898, tendo então se aposentado do consultório por oito anos, devido a problemas de saúde. Ele se casou em 1858 com Adela Lucy Leman, filha de Stephen Adey, com quem teve cinco filhos e uma filha. Seu filho mais novo, Leopold, foi um oficial do Exército condecorado da Primeira Guerra Mundial.