Em Janeiro de 1910, o médico de Pankejeff trouxe-o a Viena para fazer tratamento com Freud. Pankejeff e Freud se encontraram muitas vezes entre fevereiro de 1910 e julho de 1914, e algumas vezes depois, incluindo uma breve psicanálise em 1919. Os “problemas nervosos” de Pankejeff incluíam a sua incapacidade de ter movimentos intestinais sem o auxílio de um enema, bem como uma depressão debilitante. Inicialmente, segundo Freud, Pankejeff resistiu à abertura para uma análise completa, até que Freud lhe deu um prazo de um ano para análise, levando Pankejeff a desistir de suas resistências.

A primeira publicação de Freud sobre o “Wolf Man” foi “From the History of an Infantile Neurosis” (Aus der Geschichte einer infantilen Neurose), escrita no final de 1914, mas não publicada até 1918. O tratamento de Pankejeff por Freud centrava-se num sonho que este tinha quando era muito pequeno e que ele descreveu a Freud:

“Sonhei que era noite e que estava deitado na cama. (A minha cama ficava com o pé em direção à janela; em frente à janela havia uma fila de velhas nogueiras. Eu sei que era inverno quando eu tive o sonho, e noite). De repente, a janela se abriu por si mesma, e eu fiquei aterrorizado ao ver que alguns lobos brancos estavam sentados na grande nogueira em frente à janela. Havia seis ou sete deles. Os lobos eram bastante brancos, e pareciam mais raposas ou cachorros de ovelha, pois tinham caudas grandes como raposas e tinham as orelhas picadas como cães quando prestam atenção em alguma coisa. Com grande terror, evidentemente de serem comidos pelos lobos, eu gritei e acordei. A minha enfermeira correu para a minha cama, para ver o que me tinha acontecido. Demorou bastante tempo até que eu me convencesse que tinha sido apenas um sonho; eu tinha tido uma imagem tão clara e viva da janela que se abria e dos lobos sentados na árvore. Finalmente fiquei mais calmo, senti como se eu tivesse escapado de algum perigo e fui dormir novamente”. (Freud 1918)

A análise final do sonho de Pankejeff (juntamente com a contribuição de Pankejeff) foi o resultado de Pankejeff ter testemunhado uma “cena primeva” – seus pais fazendo sexo um tergo ou mais ferarum (“de trás” ou “estilo cãozinho”) – numa idade muito jovem. Mais tarde no jornal, Freud postulou a possibilidade de que Pankejeff tivesse testemunhado a cópula entre animais, que foi deslocada para seus pais.

O sonho de Pankejeff teve um papel importante na teoria do desenvolvimento psicossexual de Freud, e junto com a injeção de Irma (o próprio sonho de Freud, que lançou a análise dos sonhos), foi um dos sonhos mais importantes para os desenvolvimentos das teorias de Freud. Além disso, Pankejeff tornou-se um dos principais casos utilizados por Freud para provar a validade da psicanálise. Foi o terceiro estudo de caso detalhado, após “Notes Upon a Case of Obsessional Neurosis”, em 1908 (também conhecido por seu apelido animal “Homem Rato”), que não envolveu a análise de Freud, e que reuniu os principais aspectos da catarse, o inconsciente, a sexualidade e a análise de sonhos apresentada por Freud em seus Estudos sobre Histeria (1895), A Interpretação dos Sonhos (1899), e seus Três Ensaios sobre a Teoria da Sexualidade (1905).