Em 2002, foram identificadas mutações no gene homeobox relacionado com o gene gene da aristala X (ARX; Xp21.3) em indivíduos com XLAG e em alguns dos seus parentes do sexo feminino. O Rato Arx e a ARX humana são altamente expressos tanto no telencéfalo dorsal quanto no ventral, incluindo a zona neocortical ventricular e a zona germinal da eminência ganglionar, com sinais menos intensos na zona subventricular, placa cortical, hipocampo, gânglios basais e tálamo ventral. Os ratos com deficiência arx mostraram migração tangencial deficiente e diferenciação anormal dos interneurônios GABAergicos na eminência ganglionar e neocórtex, assim como diferenciação testicular anormal. Estas características incluem algumas das características clínicas do XLAG em humanos. As mutações ARX em pacientes com XLAG foram predominantemente mutações de terminação prematura (grandes deleções, framehift, mutações sem sentido, mutações no local de emenda) enquanto as mutações de missense foram menos comuns e localizadas essencialmente no domínio homeobox. Pacientes portadores de mutações de missense não conservadoras dentro da homeobox, apresentaram XLAG menos grave, enquanto que a substituição conservadora no homeodomínio causou a síndrome de Proud (ACC com genitália anormal). Uma mutação não conservadora de falta de sentido perto do domínio C-terminal aristaless causou XLAG anormalmente grave com microcefalia e hipoplasia cerebelar leve. As mutações ARX também estão associadas a um espectro de fenótipos mais amenos, sem malformações macroscópicas do cérebro, como espasmos infantis ligados ao X, uma síndrome com retardo mental associado a movimentos distal-distônicos (síndrome de Partington; ver este termo), características autistas e déficit não-sindromicintelectual.