Um processo crítico no desenvolvimento embrionário é a activação e localização espacial dos mRNAs para células e territórios específicos do embrião. Revelar a distribuição espacial dos mRNAs e como ela muda durante o desenvolvimento é uma peça vital de informação que ajuda na compreensão da sinalização e genes reguladores que impulsionam redes específicas de regulação genética. No laboratório, um método rentável e fiável para determinar a distribuição espacial dos mRNAs em embriões é a hibridação in situ. Este método sensível e simples emprega sondas exógenas de RNA antisenso para encontrar seqüências específicas e complementares em embriões fixos. As moieties antigénicas conjugadas com os ribonucleótidos incorporados na sonda reagem cruzadamente com anticorpos, e podem ser subsequentemente utilizados inúmeros métodos de coloração para revelar a distribuição espacial do mRNA visado. A qualidade dos dados produzidos por este método é equivalente à experiência do pesquisador e, portanto, um entendimento profundo das numerosas etapas que compõem este método é importante para a obtenção de dados de alta qualidade. Aqui compilamos e resumimos vários protocolos que têm sido empregados principalmente em cinco espécies de ouriços-do-mar em numerosos laboratórios ao redor do mundo. Enquanto os protocolos podem variar para as diferentes espécies, os passos abrangentes são semelhantes e podem ser facilmente dominados. Quando realizada adequada e cuidadosamente, a hibridação in situ é uma ferramenta poderosa que fornece dados inequívocos para os quais não há atualmente nenhum substituto comparável e continuará a ser um método importante na era dos grandes dados e mais além.