Twee andere studies in de jaren negentig gaven gemengde resultaten. Een daarvan was een X-chromosoom koppelingsanalyse van 54 paren homofiele broers, uitgevoerd door de onafhankelijke onderzoeksgroep van Sanders et al. in 1998. De resultaten van de studie waren niet te onderscheiden van de resultaten van de studie van Hu et al.: beide rapporteerden dat de chromosomale locatie van maximale deling de locus DXS1108 was en beide rapporteerden een vergelijkbare mate van alleldeling (66% versus 67%). De tweede studie van Rice et al. uit 1999 bestudeerde 52 paren Canadese homofiele broers en vond geen statistisch significante verbanden in allelen en haplotypen. Bijgevolg concludeerden zij tegen de mogelijkheid dat een gen in de Xq28 regio een grote genetische invloed zou hebben op mannelijke seksuele geaardheid (hoewel zij de mogelijkheid niet konden uitsluiten dat een gen in deze regio een kleine invloed zou hebben). Rice e.a. beweerden ook dat hun resultaten niet de mogelijkheid uitsluiten om genen voor mannelijke homoseksualiteit elders in het genoom te vinden. Hamer bekritiseerde de studie voor het niet selecteren van families voor hun studiepopulatie op basis van maternale transmissie, omdat het selecteren van alleen families die een overmaat aan maternale homoseksuele verwanten vertonen noodzakelijk is om de Xq28 linkage te detecteren. Een meta-analyse van alle gegevens die op dat moment beschikbaar waren (d.w.z., Hamer et al. (1993), Hu et al. (1995), Rice et al. (1999), en de ongepubliceerde studie van Sanders et al. uit 1998 gaf aan dat Xq28 een significante maar niet exclusieve rol speelt bij mannelijke seksuele geaardheid.

De auteurs van de meta-analyse (waaronder drie auteurs van de studie van Rice et al. studie, Rice, Risch en Ebers) presenteerden verschillende methodologische redenen waarom Rice et al. (1999) mogelijk niet in staat waren om statistisch significante verbanden tussen Xq28 en mannelijke seksuele geaardheid te detecteren: de families die door Rice et al. waren niet representatief omdat zij een overmaat aan homoseksuele verwanten van vaderszijde in plaats van moederszijde hadden, waardoor de weergave van een eventuele X-chromosoom linkage werd vertroebeld; de statistische kracht van hun steekproef was onvoldoende om een linkage adequaat te detecteren en zij hadden geen duidelijke criteria voor wat homoseksualiteit was (de onderzoekers waren afhankelijk van hun eigen oordeel en baseerden hun oordeel soms op een enkele vraag aan de proefpersoon). Zij misten ook criteria “om geschikte families te selecteren voor de studie van een vermeende X-gebonden locus” – aangezien zij geen families selecteerden op basis van de aanwezigheid van maternale overdracht van homoseksualiteit, kan de bijdrage van Xq28 aan mannelijke seksuele geaardheid verborgen zijn gebleven. Bovendien bleek uit de meta-analyse dat de familiestamboomgegevens van Rice et al. (1999), in tegenstelling tot de genotyperingsgegevens, X-chromosoomkoppeling voor homoseksualiteit leken te ondersteunen.

In 2012 werd een grote, uitgebreide genoombrede koppelingsstudie van mannelijke seksuele geaardheid uitgevoerd door verschillende onafhankelijke groepen onderzoekers. De studiepopulatie omvatte 409 onafhankelijke paren van homoseksuele broers uit 384 families, die werden geanalyseerd met meer dan 300.000 single-nucleotide polymorfismemarkers. De studie bevestigde de Xq28 linkage aan homoseksualiteit door twee-punts en multipoint (MERLIN) LOD score mapping. Significante linkage werd ook gedetecteerd in de regio nabij het centromeer van chromosoom 8, overlappend met één van de regio’s die werden gedetecteerd in een eerdere genoomwijde linkage studie door het Hamer lab. De auteurs concludeerden dat “onze bevindingen, in samenhang met eerder werk, suggereren dat genetische variatie in elk van deze regio’s bijdraagt aan de ontwikkeling van de belangrijke psychologische eigenschap van mannelijke seksuele oriëntatie”. Het was de grootste studie naar de genetische basis van homoseksualiteit tot nu toe en werd online gepubliceerd in november 2014.

In augustus 2019 concludeerde een genoomwijde associatiestudie van 493.001 individuen dat honderden of duizenden genetische varianten ten grondslag liggen aan homoseksueel gedrag bij beide geslachten, waarbij 5 varianten in het bijzonder significant geassocieerd waren. Ze verklaarden dat in tegenstelling tot linkage-studies die substantiële associatie van seksuele geaardheid vonden met varianten op het X-chromosoom, ze geen overmaat aan signaal vonden (en geen individuele genoombrede significante varianten) op Xq28 of de rest van het X-chromosoom.