Sievers stond terecht tijdens het Doctors’ Trial in Neurenberg na afloop van de Tweede Wereldoorlog, waar hij door journalist William L. Shirer “de blauwbaard van de nazi’s” werd genoemd vanwege zijn “dikke, inktzwarte baard”. Het Instituut voor Militair Wetenschappelijk Onderzoek was opgericht als onderdeel van de Ahnenerbe, en de vervolging in Neurenberg legde de verantwoordelijkheid voor de experimenten op mensen die onder haar auspiciën waren uitgevoerd bij de Ahnenerbe. Sievers, als hoogste bestuursfunctionaris van de Ahnenerbe, werd ervan beschuldigd de criminele experimenten actief te hebben gesteund en bevorderd.

Sievers werd ervan beschuldigd lid te zijn van een organisatie die door het Internationale Militaire Tribunaal (de SS) als misdadig was bestempeld, en was betrokken bij het begaan van oorlogsmisdaden en misdaden tegen de menselijkheid. Ter verdediging voerde hij aan dat hij reeds in 1933 lid was geweest van een anti-Nazi verzetsbeweging die plannen beraamde om Hitler en Himmler te vermoorden, en dat hij zijn benoeming tot directeur van de Ahnenerbe had verkregen om dicht bij Himmler te kunnen komen en diens bewegingen te kunnen observeren. Hij beweerde verder dat hij op advies van zijn verzetsleider op die post was gebleven om vitale informatie te verzamelen die zou helpen bij de omverwerping van het nazi-regime.

Sievers werd op 20 augustus 1947 ter dood veroordeeld wegens misdaden tegen de menselijkheid, en op 2 juni 1948 opgehangen in de gevangenis van Landsberg in Beieren.