Incendiare schepen waren een bekend concept bij het doorbreken van blokkades. Een schip werd geladen met explosieven en vrijgelaten om de vijandelijke vloot binnen te drijven, waarbij het bij contact explodeerde. De brandgevaarlijke duiker zou volgens een soortgelijk principe werken: hij zou onder een vijandelijk schip duiken, een elektrisch geactiveerde mijn aan de romp bevestigen en ontsnappen, waarbij hij de mijn van op een veilige afstand tot ontploffing zou brengen. De min of meer zelfde techniek werd toegepast bij alle militaire onderzeebootontwerpen van die tijd, zoals de Explorer van Julius Kröhl, de U.S.S. Alligator van Brutus de Villeroi en de beroemde Hunley, die de eerste onderzeeboot werd die een vijandelijk vaartuig tot zinken bracht.

Nadat het model van de onderzeeboot, dat door Bauer zelf was gebouwd, bleek te werken, kreeg hij genoeg geld om een onderzeeboot op ware grootte te bouwen. Maar de militaire autoriteiten waren nog steeds grotendeels tegen Bauers plan en dwongen Bauer zijn ontwerpen te wijzigen om de kosten te drukken.

De voltooide Brandtaucher, gebouwd door August Howaldt van de latere Howaldtswerke was 28 voet lang en woog ongeveer 70.000 pond. Omdat er in die tijd nog geen geschikt mechanisch aandrijfsysteem beschikbaar was, werd de onderzeeër aangedreven door twee matrozen die met handen en voeten een groot looprad ronddraaiden. Het derde bemanningslid, de kapitein, bevond zich aan de achtersteven van de onderzeeër. Zijn taak was het bedienen van de roeren en andere bedieningsorganen. Onder het doelschip aangekomen reikte de kapitein door een gutta percha (rubber) handschoen die in een opening van de romp was bevestigd, naar buiten, greep de mijn die zich binnen handbereik op de romp van de onderzeeër bevond en bevestigde deze op het doel.

Was de Brandtaucher gebouwd volgens Bauers oorspronkelijke ontwerpen, dan zou het onder water zijn gebracht door verschillende tanks met zeewater te vullen. Maar in de gewijzigde versie zou het vaartuig zelf gedeeltelijk met water worden overstroomd, waardoor de onderzeeër gevaarlijk instabiel zou worden. Ook de dikte van de romp en de afmetingen van de pompen moesten sterk worden gereduceerd.

De eerste proeven met de onderzeeër vonden plaats in december 1850. Hoewel Bauer verschillende verbeteringen aan de onderzeeër wilde aanbrengen, gaf het leger opdracht tot een openbare demonstratie op 1 februari 1851.

Deze openbare demonstratie eindigde bijna in een ramp. Na het bereiken van een diepte van 30 voet begon het vaartuig bij de achtersteven te liggen. Terwijl de onderzeeër naar beneden zonk, konden de dunne wanden de waterdruk niet meer aan en begonnen te barsten. De waterdruk bleek te groot voor de zwakke pompen en het propellerwiel werd beschadigd toen het vaartuig begon te kielhalen. De onderzeeër zonk langzaam naar de bodem van de haven van Kiel. Zes uur lang moesten Bauer en zijn matrozen in het gezonken vaartuig wachten, tot er genoeg water was binnengesijpeld. Hierdoor steeg de luchtdruk in de onderzeeër en konden de mannen uiteindelijk het geblokkeerde luik openen. Omdat de onderzeeër op de bodem van de zee begraven bleef, kwam de bemanning ongedeerd aan de oppervlakte. Dit was de eerste ontsnapping van een onderzeeër die werd gemeld.

De gezonken onderzeeër werd in 1887 geborgen en kan nu worden bezichtigd in het museum voor militaire geschiedenis in Dresden, Duitsland (Militärhistorisches Museum der Bundeswehr).