AchtergrondEdit

In het Saint Elias-gebergte in Canada wordt een bevroren buitenaards lichaam ontdekt door een expeditieteam. Professor Arlinsky, de leider van het team, stuurt ijskernmonsters met vermoedelijk buitenaards DNA naar Fox Mulder (David Duchovny). Zowel Mulder als Dana Scully (Gillian Anderson) ontmoeten uiteindelijk Michael Kritschgau (John Finn), een medewerker van het ministerie van Defensie die beweert dat alles wat Mulder denkt te weten over buitenaardse wezens een leugen is. Kritschgau vertelt Mulder dat de ontvoering van zijn zus Samantha verzonnen is, dat al het bewijs voor buitenaardse biologie slechts wetenschappelijke anomalieën zijn, en dat het buitenaardse lichaam dat in Canada is ontdekt nep is. Hij beweert ook dat de hele buitenaardse mythe een hoax is, opgezet door de Amerikaanse regering als dekmantel voor het militair-industrieel complex. Mulder raakt van slag door deze beweringen en verliest zijn geloof. Later onderzoekt de FBI de zelfmoord van Mulder. Scully bevestigt de identiteit van het onzichtbare lichaam.

ReduxEdit

Als een radeloze Mulder in zijn appartement zit, krijgt hij een telefoontje van Kritschgau, die hem vertelt dat “ze” misschien meeluisteren. Mulder ziet een klein gaatje in zijn plafond, stormt naar boven, dringt het appartement boven hem binnen en doodt regeringsmedewerker Scott Ostelhoff. Hij vertelt Scully over het incident en vertelt haar dat Ostelhoff talloze telefoontjes naar de FBI heeft gepleegd. Het Bureau onderzoekt de situatie en vindt Ostelhoff’s lichaam; ze denken echter dat het het lichaam van een suïcidale Mulder is. Scully identificeert het lichaam valselijk en wordt opgewacht door assistent-directeur Walter Skinner (Mitch Pileggi), die haar vertelt dat sectiechef Scott Blevins (Charles Cioffi) naar haar op zoek is. Ze ontmoet Blevins en zijn panel en vertelt hen over de eerdere incidenten die tot Mulder’s ogenschijnlijke zelfmoord hebben geleid.

Als Mulder inbreekt bij het Ministerie van Defensie, doorzoekt de Rokende Man (William B. Davis) zijn appartement, in de overtuiging dat hij niet dood is. Scully doet wat onderzoek naar Ostelhoffs gegevens en komt tot de conclusie dat hij Skinner belde. Ondertussen vindt Mulder een kamer met nep buitenaardse lichamen en volgt een tunnel naar het Pentagon, waar hij een grote bewijskamer aantreft. Mulder spoort uiteindelijk een klein metalen flesje op waarvan hij denkt dat het een geneesmiddel tegen Scully’s kanker bevat. Scully legt aan het FBI-panel uit dat Mulder het slachtoffer is geworden van een uitgebreid complot en dat zij een dodelijke ziekte heeft gekregen van iemand in de kamer. Als ze op het punt staat haar bewijs te presenteren, bloedt haar neus en zakt ze in elkaar. Mulder brengt de flacon naar de Lone Gunmen, die hem vertellen dat het geen geneesmiddel is, maar alleen gedeïoniseerd water.

Redux IIEdit

Nadat Mulder hoort dat Scully is ingestort, komt hij aan bij het ziekenhuis waar ze wordt behandeld. Voordat hij contact met haar kan maken, wordt hij aangehouden door Skinner en twee FBI-agenten. Mulder wordt vervolgens naar Blevins en een senior agent gebracht, die informatie eisen over waarom Scully over zijn dood heeft gelogen. Na de ontmoeting vertelt Mulder aan Skinner dat een verrader in de FBI Scully haar kanker heeft bezorgd. Ondertussen probeert de Rokende Man de Eerste Ouderling (Don S. Williams) ervan te overtuigen dat Mulder zich aan hun kant zal scharen als hij daar een goede reden voor krijgt.

Mulder vertelt Scully later dat hij de samenzwering aan het publiek wil onthullen. Bij zijn vertrek ontmoet hij de Rokende Man, die beweert dat hij Scully kan genezen door een chip in de gestolen ampul van Mulder te gebruiken. Ondertussen verschijnt Kritschgau voor het panel van de FBI. Hij ontkent dat hij de moordenaar van Ostelhoff kent en onthult dat zijn zoon die ochtend is gestorven. Hij zegt niet alleen voor het ministerie van Defensie te werken, maar ook voor een lobbyfirma voor het Congres, Roush genaamd. Mulder vertelt Scully en haar arts over de chip. Scully’s familie is sceptisch, vooral haar broer Bill. Scully besluit de chip toch in haar nek te laten plaatsen.

De rokende man regelt een ontmoeting met Mulder in een nabijgelegen eethuisje. Daar ontmoet Mulder zijn zus Samantha, die de Rokende Man haar “vader” noemt. Samantha beweert zich niets te herinneren van haar ontvoering en wil niet blijven of Mulder vertellen waar hij haar kan vinden. De volgende dag biedt de Rokende Man Mulder de waarheid aan als hij ontslag neemt bij de FBI en voor hem komt werken; Mulder weigert. Later ontmoet Mulder Blevins, die beweert dat hij bewijs heeft dat Skinner informatie achterhield over de dood van Ostelhoff. Blevins zegt Mulder dat hij hem kan helpen als hij Skinner als de verrader binnen de FBI aanwijst. Later ontmoet Mulder Scully en vertelt haar dat hij van plan was de deal met de Rokende Man te sluiten, maar dat nu niet meer zal doen na zijn ontmoeting met Blevins. Ondanks Scully’s smeekbeden weigert hij Skinner te verraden.

Mulder verschijnt voor het FBI-panel terwijl een gewapende Quiet Willy de Rokende Man volgt. Mulder vertelt het panel over de samenzwering tegen hem en Scully. Op de vraag van Blevins en de hoofdagent of hij Ostelhoff heeft vermoord, noemt Mulder Blevins de verrader. De Rokende Man, die naar een foto van een jonge Mulder en Samantha kijkt, wordt neergeschoten door Quiet Willy. Blevins wordt gedood door de hoofdagent in zijn kantoor, die het als zelfmoord ensceneert. In het ziekenhuis vertelt Skinner Mulder dat de Rokende Man dood is, hoewel zijn lichaam nog niet is gevonden. Mulder geeft toe dat hij heeft geraden toen hij Blevins noemde, die volgens Skinner op de loonlijst stond voor Roush. Mulder vertelt Skinner dat Scully’s kanker in remissie is gegaan.