Dit hoofdstuk beschrijft de herkenning van tRNAs door aminoacyl-tRNA synthetases. De zeer specifieke selectie van tRNA substraten door aminoacyl-tRNA synthetases is een intrigerend probleem in RNA-eiwit herkenning. Synthetases die specifiek zijn voor elk van de 20 aminozuren komen in de cel een pool van tRNAs tegen met vergelijkbare algemene structuren. De selectie van de juiste tRNAs voor de aanhechting van elk aminozuur vindt plaats door de vorming van RNA-eiwit contacten die uniek zijn voor elk cognaat tRNA-synthetase paar. De plaatsen in tRNAs die deze interacties regelen zijn onderzocht met een verscheidenheid van technieken die in dit hoofdstuk zijn besproken, zoals de bepaling van de aminozuur-acceptor specificiteit van tRNA. De rol van het anticodon in de herkenning, de rol van de acceptor-stam en de discriminator-basis, en de rol van gemodificeerde basen wordt in het hoofdstuk besproken. Het anticodon is niet vereist voor de herkenning van tRNAAIa, en mogelijk tRNASer; deze en alle andere E. coli tRNA’s bevatten waarschijnlijk identiteitselementen in het anticodon die cruciaal zijn voor het onderscheid tussen cognate en noncognate tRNA’s door synthetases in vivo. Bovendien bevatten een aantal E. coli tRNA’s belangrijke herkenningselementen voor hun cognate synthetasen in de acceptorstam en/of op de discriminatorplaats.