Een cruciaal proces in de embryonale ontwikkeling is de activering en ruimtelijke lokalisatie van mRNAs naar specifieke cellen en territoria van het embryo. Het blootleggen van de ruimtelijke verdeling van mRNA’s en hoe het verandert tijdens de ontwikkeling is een vitaal stuk van informatie die helpt bij het begrijpen van de signalering en regulerende genen het aansturen van specifieke gen regulerende netwerken. In het laboratorium is in situ hybridisatie een kosteneffectieve, betrouwbare methode om de ruimtelijke verdeling van mRNA’s in embryo’s te bepalen. Deze gevoelige en ongecompliceerde methode maakt gebruik van exogene antisense RNA-probes om specifieke en complementaire sequenties in gefixeerde embryo’s te vinden. De aan de ribonucleotiden in de probe geconjugeerde antigenen reageren met antilichamen, en vervolgens kunnen talrijke kleuringstechnieken worden toegepast om de ruimtelijke distributie van het doel-mRNA aan te tonen. De kwaliteit van de met deze methode verkregen gegevens is evenredig met de ervaring van de onderzoeker, en dus is een goed begrip van de talrijke stappen waaruit deze methode bestaat, belangrijk voor het verkrijgen van gegevens van hoge kwaliteit. Hier worden verschillende protocollen gecompileerd en samengevat die voornamelijk zijn toegepast op vijf zee-egelsoorten in talrijke laboratoria over de hele wereld. Terwijl de protocollen kunnen variëren voor de verschillende soorten, de overkoepelende stappen zijn vergelijkbaar en kan gemakkelijk worden beheerst. Indien goed en zorgvuldig uitgevoerd, is in situ hybridisatie een krachtig instrument dat ondubbelzinnige gegevens oplevert waarvoor momenteel geen vergelijkbaar substituut bestaat en dat een belangrijke methode zal blijven in het tijdperk van big data en daarna.