In 2002 werden mutaties in het X-gebonden aristaless-gerelateerde homeobox-gen (ARX; Xp21.3) geïdentificeerd bij personen met XLAG en bij sommige van hun vrouwelijke familieleden. Muis ARx en menselijke ARX komen sterk tot expressie in zowel het dorsale als ventrale telencephalon, met inbegrip van de neocorticale ventriculaire zone en de germinale zone van de ganglion eminence, met minder intense signalen in de subventriculaire zone, corticale plaat, hippocampus, basale ganglia en ventrale thalamus. Arx-deficiënte muizen vertoonden een gebrekkige tangentiële migratie en abnormale differentiatie van GABA-erge interneuronen in de ganglionische eminence en de neocortex, evenals abnormale testiculaire differentiatie. Deze kenmerken omvatten enkele van de klinische kenmerken van XLAG bij de mens. De ARX-mutaties in XLAG-patiënten waren voornamelijk voortijdige beëindigingsmutaties (grote deleties, frameshift, nonsense-mutaties, splice site-mutaties), terwijl de missense-mutaties minder vaak voorkwamen en zich voornamelijk in het homeobox-domein bevonden. Patiënten met niet-conservatieve missense mutaties binnen het homeobox, vertoonden minder ernstige XLAG, terwijl conservatieve substitutie in het homeodomein het Proud syndroom (ACC met abnormale genitaliën) veroorzaakte. Een niet conservatieve missense mutatie nabij het C-terminale aristaless domein veroorzaakte ongewoon ernstige XLAG met microcefalie en milde cerebellaire hypoplasie. De ARX mutaties zijn ook geassocieerd met een spectrum van mildere fenotypes, zonder macroscopische misvormingen van de hersenen, zoals X-gebonden infantiele spasmen, een syndroom met mentale retardatie geassocieerd met distale dystonische bewegingen (Partington syndroom; zie deze term), autistische kenmerken en niet-syndromale intellectuele achterstand.