1990年代にはさらに2つの研究があり、結果はまちまちであった。 ひとつは、1998年にサンダースらの独立した研究グループによって行われた、54組の同性愛者兄弟のX染色体連鎖分析です。 この研究の結果は，Huらの研究の結果と区別がつかない。両者とも，共有が最大となる染色体の位置はDXS1108座であり，対立遺伝子の共有の程度も同程度（66%対67%）であると報告している。 1999年のRiceらによる2番目の研究では、52組のカナダ人ゲイ兄弟を調査し、対立遺伝子とハプロタイプに統計的に有意な連鎖を見いだせなかった。 その結果、彼らはXq28領域の遺伝子が男性の性的指向に大きな遺伝的影響を与える可能性はないと結論づけた（ただし、この領域の遺伝子が小さな影響を与える可能性は否定できない）。 また、Riceらは、この結果はゲノムの他の場所に男性同性愛の遺伝子を見出す可能性を排除するものではないと主張している。 Hamerは、Xq28の連鎖を検出するためには、母方の同性愛者の親族が過剰であることを示す家族のみを選択することが必要であるとして、母方の伝染に基づいて研究対象家族を選択しなかったことを批判している。 当時入手できたすべてのデータのメタアナリシス（すなわち, Hamerら（1993）、Huら（1995）、Riceら（1999）、およびSandersらによる1998年の未発表の研究のメタ分析では、Xq28が男性の性的指向に重要な役割を持つが排他的ではないことが示された

メタ分析の著者（Riceらの著者3人が含まれている）は、Xq28が男性の性的指向に重要であると述べた。 メタアナリシス（Riceらの研究の著者3名、Rice、Risch、Ebersを含む）の著者らは、Riceら（1999）がXq28と男性の性的指向の間の統計的に有意な連鎖を検出できなかったかもしれないいくつかの方法論的理由を示した： Riceらによって遺伝子型決定された家族、Riceらの研究によって得られたXq28と男性の性的指向の連鎖。 そのため、X染色体連鎖の表示が不明瞭であった。また、サンプルの統計的検出力が連鎖を適切に検出するには不十分であり、何をもって同性愛とするかについての明確な基準がなかった（研究者は自身の判断に頼り、時には対象者への単一の質問に基づいて判断していた）。 また、「推定されるX連鎖遺伝子座の研究のために適切な家族を選択する」基準も欠いていた。母方からの同性愛の伝播の有無に基づいて家族を選択しなかったため、男性の性的指向に対するXq28の寄与が隠された可能性がある。 また、メタ解析の結果、Riceら（1999）の家族血統データは、ジェノタイピングデータとは対照的に、同性愛のX染色体連鎖を支持しているように見えた。

2012年に、男性の性的指向に関する大規模で包括的なゲノム全体の連鎖研究が、複数の独立した研究グループによって実施された。 研究対象は384家族からなる409組の独立した同性愛者の兄弟で、30万以上の一塩基多型マーカーで解析されました。 この研究では、2点および多点（MERLIN）LODスコアマッピングにより、Xq28と同性愛の連鎖が確認された。 また、8番染色体のセントロメア付近の領域でも有意な連鎖が検出され、Hamer研究室による以前のゲノムワイド連鎖研究で検出された領域の1つと重なった。 著者らは、”今回の結果は、これまでの研究との関連で考えると、これらの領域のそれぞれにおける遺伝的変異が、男性の性的指向という重要な心理的特性の発達に寄与していることを示唆している “と結論づけた。 同性愛の遺伝的基盤に関するこれまでで最大の研究で、2014年11月にオンライン公開されました。

2019年8月、493,001人を対象としたゲノムワイド関連研究は、男女ともに同性愛行動の根底には数百から数千の遺伝子変異があり、特に5の変異は有意に関連していると結論付けました。 彼らは、X染色体上の変異体と性的指向の実質的な関連を見出した連鎖研究とは対照的に、Xq28やX染色体の残りの部分に過剰なシグナル（および個々のゲノムワイドな有意な変異体）を見出せなかったと述べている

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