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XGR v1.0.0

Exploring Genomic Relations at Gene and SNP Level Through Enrichment, Similarity and Network Analysis

XGRの中心目標はデータ解釈システムを提供することである。 オントロジーやネットワーク情報を総合的に活用することで、ユーザーが定義した遺伝子やSNPリストをより解釈しやすくし、関係を明らかにし、生物学的発見の機会を高めることを目的として設計されている。 XGRは、広範なオントロジー(生物学的、分子的機能、パスウェイ、疾患、表現型に関する知識-ヒトとマウスの両方を含む)と異なるタイプのネットワーク(機能、物理、パスウェイ相互作用を含む)をサポートしていることが特徴です。 XGRの中核となる機能は2つあります。 1つは、組み込みのオントロジーとネットワークに簡単にアクセスするための基本的なインフラストラクチャーです。 もう一つは、拡張可能な機能で、現在、1)ビルトインまたはカスタムオントロジーを用いたエンリッチメント解析、2)遺伝子(またはSNP)間の意味的類似性をオントロジー注釈プロファイルに基づいて計算する類似性解析、3)(重要)遺伝子またはSNPのクエリーリストを与えて遺伝子ネットワークを特定するネットワーク解析が含まれています。 XGRはウェブアプリとともに、遺伝子やSNPレベルでのゲノム関係を探索するための使いやすいツールを提供することを目的としている