“write in pen” というフレーズを「ペンでインクを書く」という意味で使うことは英語では珍しいことではありません。 一例として、ジョン・アップダイク「ライミング・マックス」Assorted Prose（1965年）より

Beneath it, he wrote in pen.が挙げられます。

この平易な告知は、うまく読むと、

イambicallyに実行される。

楽なa-b-a-b韻、「plain」と「nicely」のバランス、「Iambically」の発音をきれいにしないとスキャンできない-これは典型的な軽詩で、最も厳しい散文を完璧な形にひねり、地と光の結婚、極めて不思議なものです。

Google Booksで検索すると、American Law Reports Annotated (1942)に、次のような例が見つかります：

The grantors in the case at bar used a printed form deed and written in pen, after the words “warrant and defend”, “except against said lease.”. モーガン・アレンと妻が北東部の4分の1全体を譲渡しないのであれば、譲渡された敷地内にリースがないため、”except against said lease “という言葉を加える必要はなかったでしょう。

さらに以前には、Factory Management and Maintenance, volume 96 (1938)にこんな例があります：

標準の「スピードアル」はシフトスクリューの回転で校正されているが、ユーザーが自分の好きな単位でペンまたは鉛筆で校正を書き込めるスペースがダイヤルに利用可能である。 すでに使用されている同社の標準的なハンドホイール、ハンドクランク、ハンドホイール式スピードインジケータの代わりに使用することができます。 リーブス・プーリー社（Reeves Pulley Co, インディアナ州コロンバス

しかし、「ペンで書く」という表現は、「ペンとインクで書く」の短縮形のようです（Google ブックスの検索で「ペンで書く」「ペンで書いた」の最初の出現はすべて、1894 年にさかのぼり、少なからずあります）、「ペンとインク」は、（ペンに相当する木製ケースとインクに相当する黒鉛媒体が一緒になって）「ペンシル」とうまく並列しているような気がします。

それでも、StoneyBが観察しているように、「インクで書く」はこの考えを表現する一般的な方法なのです。

「ペンで書く」と「インクで書く」の組み合わせが好まれることから、「鉛筆で書く」と「黒鉛で書く」または「鉛で書く」も好まれるだろうと予想されるかも知れません。 しかし、その代わりに、英語圏の人々は “write with a pencil” と “write in pencil” を好むのです。 Google Booksで “write in lead “にマッチするのは、”write in lead pencil “という長いフレーズの一部だけで、”write in graphite “にはGoogle Booksで全くマッチするものがないのです。