胚発生において、mRNAの活性化と胚の特定の細胞や領域への局所化は、重要な過程である。 mRNAの空間分布とそれが発生中にどのように変化するかを明らかにすることは、特定の遺伝子制御ネットワークを駆動するシグナル伝達と制御遺伝子の理解を助ける重要な情報の一部である。 実験室では、胚におけるmRNAの空間分布を決定するためのコスト効率と信頼性の高い方法として、in situハイブリダイゼーションがある。 この高感度でわかりやすい方法は、固定された胚に特異的で相補的な配列を見つけるために、外因性アンチセンスRNAプローブを用いるものである。 プローブに含まれるリボヌクレオチドに結合した抗原は抗体と交差反応し、その後多くの染色法を用いて標的とするmRNAの空間分布を明らかにすることができる。 本法で得られるデータの質は、研究者の経験値に比例するため、本法を構成する多くのステップを十分に理解することが、質の高いデータを得るために重要である。 ここでは、主に5種のウニを対象に、世界中の多くの研究室で採用されているいくつかのプロトコルをまとめました。 プロトコルは種によって異なるが、全体的な手順は類似しており、容易に習得することができる。 in situ hybridizationは、適切かつ慎重に実施されれば、現在のところ代替のない明確なデータを提供する強力なツールであり、ビッグデータの時代やそれ以降も重要な手法であり続けるだろう。