ジェンナーは1815年1月30日にチャタムで生まれ、ユニバーシティ・カレッジ・ロンドンで教育を受けた。 1837年に英国王立外科学会の会員となり、1852年には王立医学会のフェローとなり、1844年にはロンドン医学博士の称号を取得した。

コンサルタントとして、サー・ウィリアム・ジェンナーは高い評価を得ており、1898年12月11日にハント州ビショップス・ウォルサムで亡くなった際には、健康を損なったために8年間診療から退いていたが、多額の財産を残している。 1858年にスティーブン・エイディーの娘アデラ・ルーシー・レマンと結婚し、5男1女をもうけた。