Xyloglucan
Le génome humain ne contient pas les gènes codant pour la dégradation du xyloglucan, même si les xyloglucanes sont un composant important de la plupart des régimes alimentaires humains. Des études récentes ont montré qu’un locus génétique discret confère le métabolisme du xyloglucane dans certains Bacteroidetes de l’intestin humain. Ces résultats révèlent que le métabolisme des fibres alimentaires, même les plus abondantes, peut être contrôlé par des espèces de niche. Le métabolisme des xyloglucanes est le résultat de l’action concertée de plusieurs enzymes et transporteurs membranaires. Cependant, étant donné la grande diversité de composition des xyloglucanes provenant de différentes sources végétales, il existe une enzyme clé, une endo-xyloglucanase appelée BoGH5A, qui a la capacité de couper une gamme de xyloglucanes pour générer des xyloglucanes courts prêts à être absorbés. Une analyse détaillée de la structure et de la fonction de l’enzyme a révélé la présence d’un domaine appelé domaine BACON dont la fonction principale dans BoGH5A pourrait être d’éloigner le module catalytique de la surface cellulaire et de conférer une mobilité supplémentaire au domaine catalytique pour attaquer le polysaccharide. Une large fente de site actif engendrant une plasticité de liaison est la caractéristique clé permettant à BoGH5A de s’adapter à une large gamme de XyGs naturels.
La prévalence des XyGs dans l’alimentation humaine suggère que le mécanisme par lequel les bactéries dégradent ces polysaccharides complexes est très important pour l’acquisition d’énergie par l’homme. De plus, la rareté du métabolisme des XyGs met en évidence l’importance de Bacteroides ovatus et d’autres Bacteroidetes compétents dans la dégradation des XyGs en tant que membres clés du consortium microbien intestinal humain.