Deux autres études menées dans les années 1990 ont donné des résultats mitigés. L’une était une analyse de liaison au chromosome X de 54 paires de frères gays, réalisée par le groupe de recherche indépendant de Sanders et al. en 1998. Les résultats de cette étude ne se distinguent pas de ceux de l’étude de Hu et al. : toutes deux ont indiqué que l’emplacement chromosomique du partage maximal était le locus DXS1108 et toutes deux ont signalé des degrés similaires de partage d’allèles (66 % contre 67 %). La seconde étude, menée par Rice et al. en 1999, a étudié 52 paires de frères gays canadiens et n’a trouvé aucun lien statistiquement significatif entre les allèles et les haplotypes. Par conséquent, ils ont conclu qu’il n’était pas possible qu’un gène de la région Xq28 ait une grande influence génétique sur l’orientation sexuelle masculine (bien qu’ils ne puissent pas exclure la possibilité qu’un gène de cette région ait une petite influence). Rice et al. ont également affirmé que leurs résultats n’excluent pas la possibilité de trouver des gènes de l’homosexualité masculine ailleurs dans le génome. Hamer a critiqué l’étude pour ne pas avoir sélectionné les familles de leur population d’étude en fonction de la transmission maternelle, car il est nécessaire de sélectionner uniquement les familles qui présentent un excès de parents homosexuels maternels pour détecter la liaison Xq28. Une méta-analyse de toutes les données disponibles à cette époque (c’est-à-dire, Hamer et al. (1993), Hu et al. (1995), Rice et al. (1999), et l’étude non publiée de 1998 de Sanders et al. a indiqué que Xq28 a un rôle significatif mais non exclusif dans l’orientation sexuelle masculine.

Les auteurs de la méta-analyse (qui comprenait trois auteurs de l’étude de Rice et al. Rice, Risch et Ebers) ont présenté plusieurs raisons méthodologiques pour lesquelles Rice et al. (1999) n’ont peut-être pas pu détecter un lien statistiquement significatif entre Xq28 et l’orientation sexuelle masculine : les familles génotypées par Rice et al. n’étaient pas représentatives car elles comptaient un nombre excessif de parents homosexuels paternels au lieu de maternels, ce qui obscurcissait l’affichage de tout lien avec le chromosome X ; la puissance statistique de leur échantillon était insuffisante pour détecter adéquatement le lien et ils ne disposaient pas de critères précis pour définir l’homosexualité (les chercheurs se fiaient à leur propre jugement et le fondaient parfois sur une seule question posée au sujet). Ils manquaient également de critères pour « sélectionner les familles appropriées pour l’étude d’un locus lié au chromosome X » – comme ils n’ont pas sélectionné les familles en fonction de la présence d’une transmission maternelle de l’homosexualité, la contribution de Xq28 à l’orientation sexuelle masculine peut avoir été cachée. En outre, la méta-analyse a révélé que les données pédigrées familiales de Rice et al. (1999), contrairement aux données de génotypage, semblaient soutenir la liaison du chromosome X pour l’homosexualité.

En 2012, une vaste étude de liaison à l’échelle du génome de l’orientation sexuelle masculine a été menée par plusieurs groupes indépendants de chercheurs. La population étudiée comprenait 409 paires indépendantes de frères homosexuels issus de 384 familles, qui ont été analysées avec plus de 300 000 marqueurs de polymorphisme mononucléotidique. L’étude a confirmé le lien entre Xq28 et l’homosexualité par cartographie du score LOD en deux points et en plusieurs points (MERLIN). Un lien significatif a également été détecté dans la région proche du centromère du chromosome 8, chevauchant l’une des régions détectées dans une précédente étude de liaison à l’échelle du génome par le laboratoire de Hamer. Les auteurs ont conclu que « nos résultats, pris dans le contexte des travaux précédents, suggèrent que la variation génétique dans chacune de ces régions contribue au développement de l’important trait psychologique qu’est l’orientation sexuelle masculine. » Il s’agissait de la plus grande étude sur la base génétique de l’homosexualité à ce jour et elle a été publiée en ligne en novembre 2014.

En août 2019, une étude d’association pangénomique portant sur 493 001 individus a conclu que des centaines ou des milliers de variantes génétiques sous-tendent le comportement homosexuel chez les deux sexes, 5 variantes en particulier étant associées de manière significative. Ils ont déclaré que, contrairement aux études de liaison qui ont trouvé une association substantielle de l’orientation sexuelle avec des variants sur le chromosome X, ils n’ont trouvé aucun excès de signal (et aucun variant individuel significatif à l’échelle du génome) sur Xq28 ou le reste du chromosome X.

.