Exploration des relations génomiques au niveau des gènes et des SNP par l’enrichissement, la similarité et l’analyse de réseau

L’objectif central de XGR est de fournir un système d’interprétation des données. Il est conçu pour rendre une liste de gènes ou de SNP définie par l’utilisateur plus interprétable en utilisant de manière exhaustive les informations de l’ontologie et du réseau pour révéler les relations et améliorer les opportunités de découverte biologique. XGR est unique en ce qu’il prend en charge un large éventail d’ontologies (y compris la connaissance des fonctions biologiques et moléculaires, des voies, des maladies et des phénotypes – tant chez l’homme que chez la souris) et différents types de réseaux (y compris les interactions fonctionnelles, physiques et de voies). L’XGR comporte deux fonctionnalités principales. La première est une infrastructure de base permettant d’accéder facilement aux ontologies et aux réseaux intégrés. La seconde est constituée de fonctions extensibles, comprenant désormais 1) l’analyse d’enrichissement à l’aide d’ontologies intégrées ou personnalisées, 2) l’analyse de similarité pour le calcul de la similarité sémantique entre les gènes (ou les SNP) sur la base de leurs profils d’annotation ontologique, et 3) l’analyse de réseau pour l’identification de réseaux de gènes à partir d’une liste de gènes ou de SNP (significatifs). Avec son application web, XGR vise à fournir un outil convivial pour explorer les relations génomiques au niveau des gènes et des SNP.