Sievers a été jugé lors du procès des médecins à Nuremberg après la fin de la Seconde Guerre mondiale, où il a été surnommé « la Barbe bleue nazie » par le journaliste William L. Shirer en raison de son « épaisse barbe noire comme de l’encre ». L’Institut de recherche scientifique militaire avait été créé dans le cadre de l’Ahnenerbe, et l’accusation de Nuremberg lui a imputé la responsabilité des expériences sur l’homme qui avaient été menées sous ses auspices. Sievers, en tant que plus haut responsable administratif, a été accusé d’avoir activement aidé et encouragé les expériences criminelles.

Sievers a été accusé d’être membre d’une organisation déclarée criminelle par le Tribunal militaire international (les SS), et a été impliqué dans la commission de crimes de guerre et de crimes contre l’humanité. Pour sa défense, il a allégué que dès 1933, il avait été membre d’un mouvement de résistance antinazi qui projetait d’assassiner Hitler et Himmler, et qu’il avait obtenu sa nomination en tant que directeur de l’Ahnenerbe afin de se rapprocher d’Himmler et d’observer ses mouvements. Il a en outre affirmé qu’il était resté à ce poste sur les conseils de son chef de la résistance afin de recueillir des informations vitales qui aideraient au renversement du régime nazi.

Sievers a été condamné à mort le 20 août 1947 pour crimes contre l’humanité, et pendu le 2 juin 1948, à la prison de Landsberg en Bavière.