Durant la guerre d’indépendance américaine, William Flora a combattu, sous les ordres du colonel William Woodford, dans les forces de l’État de Virginie, lors de la bataille de Great Bridge, en décembre 1775, où il est largement reconnu, comme le héros patriote, de la bataille. Selon une sentinelle du pont, il fut le dernier à traverser, alors que les Britanniques avançaient. Alors que Flora se retirait de son poste, sous le feu nourri de la ligne britannique, il arracha une planche du pont. Cela rendait impossible la traversée des Britanniques, sous le feu des Patriotes. En conséquence, les Britanniques ont été forcés de se retirer sur leurs bateaux. La seule victime, un soldat, avec un pouce blessé, du côté américain a survécu, pour parler très bien de William Flora et de son courage.

Selon l’armée continentale, les rôles d’appel et de solde, William Flora, en novembre 1776, a servi, sous la « compagnie du capitaine William Grymes du 15e régiment de Virginie », qui a participé en 1777, aux batailles de Brandywine et Germantown et à la bataille de Monmouth en 1778. Alors qu’il se trouvait avec ses compagnons d’armes en Caroline du Sud, Flora a évité d’être capturée par les Britanniques lors du siège de Charleston en 1780, où la majorité du régiment a été capturée. Pendant la guerre, l’unité devenant de plus en plus petite, elle a été consolidée dans le 11e régiment de Virginie et finalement dans le 5e régiment de Virginie, jusqu’à la fin de la guerre. Flora a également combattu dans la bataille de Yorktown, en 1781.