Installation (tout ordinateur Windows)

• Téléchargez WinBUGS. Dézippez ce fichier à l’endroit où vous souhaitez l’installer. Cela peut être n’importe où, par exemple, votre répertoire Program Files. Cela devrait fonctionner pour n’importe quelle version de Windows, pour 32 ou 64 bits. Il comprend la clé pour une utilisation sans restriction, et a été mis à jour à la version 1.4.3.

Installation plus facile (Windows 32 bits uniquement)

• Une façon plus facile d’installer WinBUGS qui ne fonctionne que sur les machines 32 bits est de télécharger et d’installer WinBUGS14.exe.
• Puis de télécharger et d’installer le patch pour 1.4.3.
• D’obtenir la clé gratuite pour une utilisation sans restriction en cliquant ici – cela peut être utilisé pour plusieurs installations.

Support et contact

Voir la page Support et contact pour les ressources d’aide.

Contenu

• Introduction à WinBUGS
• Installation de WinBUGS 1.4 sous Windows
  • Obtention de la clé pour une utilisation sans restriction
  • Mise à niveau vers la version 1.4.3
• Problèmes signalés dans WinBUGS 1.4
• Que reste-t-il à disposition ?

Introduction à WinBUGS

WinBUGS fait partie du projet BUGS, qui vise à mettre des méthodes MCMC pratiques à la disposition des statisticiens appliqués. Voir la page principale de BUGS pour un résumé des différentes versions de BUGS disponibles.

WinBUGS peut utiliser soit une interface windows standard `point-and-click’ pour contrôler l’analyse, soit construire le modèle en utilisant une interface graphique appelée DoodleBUGS. WinBUGS est un programme autonome, bien qu’il puisse être appelé par d’autres logiciels. Pour une version de BUGS (BRugs) qui se trouve dans le paquet statistique R, voir le site OpenBUGS.

Dans le passé, nous avons demandé aux utilisateurs de s’enregistrer avec nous pour obtenir une utilisation sans restriction, en particulier pour nous donner une idée de l’utilisation prévue du programme. Cette information a fourni un retour d’information précieux pour nous-mêmes et nos bailleurs de fonds. Cependant, nous ne demandons plus aux utilisateurs de s’enregistrer et la clé pour une utilisation sans restriction (de WinBUGS 1.4.x) peut être téléchargée ici.

Voyez WinBUGS – The Movie ! pour une courte illustration Flash des étapes de base de l’exécution de WinBUGS. (Ce film présente WinBUGS 1.3 – quand vous l’aurez regardé, vous comprendrez pourquoi WinBUGS 1.4 inclut des scripts pour éviter tout le cliquetis et le pointage !).

Toute la documentation spécifique à WinBUGS est disponible en ligne et est emballée avec le programme.

Les versions pdf du manuel WinBUGS 1.4 (qui n’inclut pas les fonctionnalités du patch 1.4.3) et du manuel GeoBUGS (qui inclut le patch 1.4.3 patch) peuvent maintenant être téléchargés, tout comme les versions PDF du volume 1, du volume 2 et du volume 3 des exemples.

Obtention du ou des fichiers)

Veuillez lire l’ACCORD DE LICENCE pour WinBUGS, avant de télécharger quoi que ce soit.

Les fichiers dont vous avez besoin sont WinBUGS14.exe (en sélectionnant le lien, vous obtiendrez une boîte de dialogue vous invitant à enregistrer le fichier sur votre système) et la clé pour une utilisation sans restriction, qui est gratuite.

WinBUGS 1.1 et WinBUGS 1.2 sont toujours disponibles pour ceux qui ont des intérêts historiques. WinBUGS 1.3 et sa clé sont également disponibles et peuvent encore être utiles si des problèmes sont obtenus avec WinBUGS 1.4 et pour exécuter PKBUGS Version 1 (voir ci-dessous).

Installation de WinBUGS 1.4 sous Windows

Pour l’installation, exécutez le fichier WinBUGS14.exe. Une façon de procéder est la suivante :

1. Quitter tous les autres programmes en cours d’exécution (notamment si vous utilisez Windows XP)
2. Copier WinBUGS14.exe sur votre ordinateur
3. Aller dans Explore et double cliquer sur WinBUGS14.exe
4. Suivez les instructions de la boîte de dialogue
5. Vous devriez avoir un nouveau répertoire appelé WinBUGS14 dans Program Files
6. À l’intérieur du répertoire WinBUGS14 se trouve un programme appelé WinBUGS14.exe
7. Cliquez avec le bouton droit sur la jolie icône de WinBUGS, sélectionnez `créer un raccourci’, puis faites glisser ce raccourci sur le bureau.
8. Double-cliquez sur WinBUGS14.exe pour exécuter WinBUGS14.

Si vous avez des problèmes après l’installation, vérifiez à nouveau que vous n’aviez pas de programmes en cours d’exécution. Vous pourriez également essayer de désactiver tout vérificateur de virus.

Note : Il semble y avoir un problème avec l’installation de WinBUGS et/ou de divers correctifs dans Windows Vista. Vista ne semble pas aimer que quelqu’un écrase les fichiers dans le répertoire « C:\Program Files » (quelles que soient les permissions). Nous recommandons donc d’installer WinBUGS ailleurs, par exemple dans « C:\ ».

Si tout le reste échoue (par exemple avec une machine 64 bits), vous pouvez télécharger une version zippée de toute la structure de fichiers et la décompresser dans Program Files ou où vous le souhaitez. WinBUGS n’apporte aucune modification au Registre.

Obtenir la clé pour une utilisation sans restriction

WinBUGS est gratuit, mais a absorbé beaucoup de temps et de subventions au cours des deux dernières décennies. Nous avons essayé de faire en sorte que nos employeurs soient satisfaits du temps passé sur le projet en gardant trace du nombre de personnes qui le téléchargent et de leur provenance. Il a également été très utile d’avoir une idée de l’usage qui en est fait. Dans le passé, ces informations ont été recueillies par le biais d’un processus d’enregistrement au cours duquel les utilisateurs saisissaient leurs coordonnées et recevaient par courrier électronique (gratuitement) une clé leur permettant d’utiliser le logiciel sans restriction. Cependant, le développement s’orientant de plus en plus vers OpenBUGS, nous avons décidé qu’il était temps de supprimer ce processus d’enregistrement et de permettre simplement un accès direct à la clé (qui n’expirera plus à la fin de chaque année)…

Veuillez cliquer ici pour télécharger la clé pour une utilisation sans restriction. Après avoir suivi les instructions données dans la clé, vérifiez que le fichier Keys.ocf dans ..\WinBUGS14\Bugs\Code\ a été mis à jour. (Certaines personnes ont constaté qu’elles devaient redémarrer la machine pour terminer l’installation de la clé.)

Mise à niveau vers la version 1.4.3

Un correctif gratuit pour la mise à niveau vers la version 1.4.3 est désormais disponible. Cliquez ici pour obtenir une description complète et le fichier patch.

Certains problèmes signalés dans WinBUGS 1.4

Certains modèles qui fonctionnent dans la version 1.3 fonctionnent lentement ou pas du tout. Veuillez nous communiquer des exemples. Cela peut être dû au changement de l’ordre de mise à jour en ordre graphique, qui a réglé les problèmes d’échantillonnage avant, mais a introduit quelques nouvelles difficultés. Nous devrons probablement faire des ajustements à l’échantillonneur de tranche adaptatif. (Si votre message Trap se plaint de problèmes avec DFreeARS (Distribution-free adaptive rejection sampling), vous pourriez essayer de passer à l’échantillonnage par tranches pour les distributions log-concaves – voir le manuel pour les instructions.)

Etienne Rivot a fait remarquer qu’après un Trap, vous pouvez ‘Save States’ (menu du modèle), puis réinitialiser le modèle avec ces états. Il peut alors, avec de la chance, y avoir un message d’erreur approprié utile!

Ajouts/corrections au manuel WinBUGS 1.4

• Spécification du modèle/Formatage des données : Lors de l’importation de données matricielles à partir de Splus version 6 ou supérieure en utilisant la commande `dput’, vous devrez remplacer les `nrow’ et `ncol’ de Splus par une instruction `.Dim’. L’ordre des dimensions reste le même que dans le manuel. La procédure pour les tableaux reste comme dans le manuel, sauf que les guillemets et l’instruction `.Dimnames’ de Splus doivent être supprimés.

• Une fonction `inprod2′ a été ajoutée dans la 1.4.3 – utilisez-la à la place de `inprod’ pour accélérer les exécutions.

Ajouts/corrections au manuel de GeoBUGS 1.2

• La syntaxe donnée dans le manuel de GeoBUGS pour définir l’échelle d’une carte est erronée : Dans le manuel, on dit que la syntaxe est :
  xScale : 1000
  yScale : 1000
  alors qu’en fait, elle devrait être
  Xscale : 1000
  Yscale : 1000

Qu’est-ce qui est encore disponible pour WinBUGS 1.4.3?

• GeoBUGS 1.2 pour l’analyse spatiale
• PKBUGS pour la modélisation pharmacocinétique
• Une nouvelle version de test pour le MCMC à saut réversible.
• Suites de fonctions S-plus/R pour les diagnostics de convergence, utilisables avec n’importe quelle version de BUGS.
• WinBUGS peut être appelé à distance à partir d’une variété de paquets (mais notez que l’on peut maintenant exécuter BUGS à partir de R en utilisant BRugs).
• Nous avons maintenant un site web exclusivement destiné au développement et à la distribution d’extensions de WinBUGS – voir le site de développement de WinBUGS et l’article du Bulletin ISBA de Dave Lunn pour plus de détails.

D’un point de vue technique, WinBUGS utilise la philosophie logicielle de la programmation orientée composants, ce qui signifie que le programme est construit à partir d’un ensemble de composants coopérants. Cet ensemble n’est pas fermé, et donc la fonctionnalité de WinBUGS peut être continuellement étendue en développant de nouveaux composants : voir le site OpenBUGS pour les derniers développements.

Pour toute question, veuillez contacter bugs at mrc-bsu.cam.ac.uk

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