Dispositif de l’étude et participants

Nous avons mené une étude prospective sur la précision diagnostique de l’Ultra à la fois sur les tissus des FNA et des biopsies à l’aiguille carottée des ganglions lymphatiques chez les patients suspectés d’adénite tuberculeuse. L’étude a été réalisée à l’hôpital Groote Schuur, un centre universitaire de référence tertiaire au Cap, en Afrique du Sud. Les participants éligibles à l’étude étaient des adultes (≥18 ans), hospitalisés ou non, référés pour des ganglions lymphatiques hypertrophiés de >20 mm dans leur diamètre le plus large, situés dans la région cervicale, axillaire ou inguinale. Les patients sous traitement antituberculeux ont été inclus à condition que ce traitement ait été administré pendant <1 mois (des sous-analyses ont été effectuées chez les patients sous traitement antituberculeux pendant <24 heures). Les patients présentant des contre-indications à la biopsie à l’aiguille (faible taux de plaquettes, autre coagulopathie et risque hémorragique, cliniquement instable, site de biopsie non sécurisé) ont été exclus. Un consentement éclairé écrit a été obtenu de tous les participants. Le comité d’éthique de la recherche humaine de la faculté des sciences de la santé de l’université du Cap a approuvé l’étude.

Les patients provenaient de Groote Schuur et d’hôpitaux de niveau secondaire et de cliniques de jour dans la zone de référence. Les résultats des examens antérieurs de la tuberculose (expectoration Xpert ou culture de la tuberculose de n’importe quel site dans les 3 mois précédant la référence, ou lipoarabinomannan (LAM) dans l’urine) ont été enregistrés. Les détails du statut VIH, du traitement de la tuberculose et de l’ART ont été obtenus.

Collecte des données

Les informations démographiques, les symptômes, la durée des symptômes, le résultat du test VIH et les autres examens de la tuberculose effectués ont été enregistrés lors de l’enrôlement. L’état de performance a été classé selon le Groupe coopératif d’Europe de l’Est (ECOG) . Le site de la biopsie a été enregistré, ainsi que les autres sites de lymphadénopathie. La présence et la durée des symptômes constitutionnels (toux, perte de poids, sueurs nocturnes) ont été spécifiquement demandées, ainsi que la durée pendant laquelle le patient avait remarqué la lymphadénopathie. Un prélèvement sanguin a été effectué pour un hémogramme complet avec différentiel, lactate déshydrogénase et statut VIH et, s’il est positif, une numération des CD4 et une charge virale pour les personnes sous traitement antirétroviral.

Procédures d’étude et prélèvement d’échantillons

La FNA a été réalisée à l’aide d’une aiguille 22G et d’une seringue de 5 mL ; les procédures d’étude ultérieures ont été déterminées par le volume de l’échantillon d’aspiration obtenu, comme le montre la figure 1. Une biopsie par carottage n’était réalisée que lorsque < 0,5 ml de matériel caséeux était obtenu par l’aspiration, en raison du risque de provoquer un sinus drainant. Initialement, lorsqu’un participant subissait à la fois un FNA et une biopsie, l’Ultra n’était réalisé que sur le tissu, mais un changement de protocole a eu lieu après 25 patients et l’Ultra a été réalisé à la fois sur le FNA et le tissu chez le même patient. Lorsqu’un patient avait à la fois un FNA et une biopsie à l’aiguille, la culture de la tuberculose n’était effectuée que sur l’échantillon de tissu. Pour l’Ultra sur le FNA, l’aiguille et la seringue ont été rincées dans un récipient stérile contenant 2 ml de solution saline. Un frottis séché à l’air pour les BAAR a été réalisé au chevet du patient à partir d’un deuxième FNA. Pour la culture à partir du FNA, l’aspirat a été rincé directement dans un milieu de culture de mycobactéries (milieu de bouillon Middlebrook 7H9). La biopsie par carottage a été réalisée par un pistolet à biopsie automatisé (BARD Magnum™, CR Bard Inc., Covington, GA, USA) avec une aiguille de 14G. Si le ganglion lymphatique n’était pas manifestement palpable, la biopsie était réalisée sous guidage échographique. Deux ou trois carottes ont été envoyées dans du formol pour l’histologie (10-15 mm de long), une carotte supplémentaire a été coupée en deux avec une lame stérile et envoyée pour la culture et l’ultra, toutes deux dans 2 ml de solution saline à 0,9 %. Si tous les tests effectués n’étaient pas concluants, le patient subissait une nouvelle biopsie par carottage ou une biopsie d’excision à la discrétion du clinicien traitant.

Procédures d’étude

Tests de laboratoire

Les échantillons d’ANF et de tissu ont été transportés dans les 2 h suivant leur collecte vers un laboratoire centralisé et traités individuellement selon des protocoles standardisés par un personnel de laboratoire formé. La lame de frottis réalisée au chevet du patient a été examinée par Ziehl-Neelsen (ZN) pour la recherche de BAAR. Le tissu obtenu par biopsie à l’aiguille a été écrasé à l’aide d’un pilon et d’un mortier. Une petite portion a été étalée sur une lame et examinée avec une coloration ZN pour les AFB. La culture mycobactérienne a été réalisée à l’aide d’un système automatisé de culture mycobactérienne en milieu liquide (BACTEC™ MGIT™ 960 ; Becton, Dickinson and Company, New Jersey, États-Unis). Les ganglions lymphatiques sont considérés comme un site stérile et la décontamination n’a pas été effectuée avant la biopsie liquide. Si le MGIT se révélait positif, une gouttelette était inoculée sur une gélose au sang à 2 % et incubée pendant 24 heures pour vérifier la croissance bactérienne. S’il n’y avait pas de croissance bactérienne, le MGIT était signalé comme positif pour les mycobactéries, l’échantillon était décontaminé avec de l’hydroxyde de sodium (1 %) et de la N-acétyl-L-cystéine, puis un nouveau MGIT était effectué. Les isolats positifs des milieux de culture ont été identifiés par une coloration acidofast suivie d’un test MRTBDRplus (Hain LifeScience, Hehren, Allemagne) pour confirmer la présence de M. tuberculosis et la sensibilité à la rifampicine et à l’isoniazide.

Pour l’Ultra, 1,4 ml de réactif d’échantillon a été ajouté à 0,7 ml d’aspirat ou d’échantillon de tissu écrasé. Les résultats ont été rapportés comme : non valides (aucun contrôle interne du test détecté) ; non détectés ; ou détectés (avec semi-quantification : trace, très faible, faible, moyen ou élevé) et résistance à la rifampicine (détectée, non détectée ou indéterminée). Le personnel effectuant l’Ultra était aveugle aux résultats cliniques et aux autres résultats microbiologiques.

L’examen histologique était effectué par un anatomopathologiste qualifié qui était aveugle aux résultats de l’ULTRA et n’avait pas accès à la culture, mais aurait pu voir les résultats des BAAR au microscope. Si des granulomes étaient identifiés, une coloration ZN séparée était réalisée par le pathologiste et une coloration PAS (Periodic acid-Schiff) était réalisée pour les champignons.

Définitions de cas et analyse statistique

Nous avons assigné les participants à l’une des trois catégories de diagnostic sur la base des investigations cliniques, histologiques et microbiologiques. Tuberculose certaine (culture positive sur FNA/tissu pour M. tuberculosis OU AFBs identifiés sur FNA/tissu) Tuberculose probable (pas d’autre diagnostic qui expliquerait la lymphadénopathie avec un ou plusieurs des éléments suivants : caséification macroscopique sur FNA/tissu OU tuberculose confirmée microbiologiquement dans un site autre que le ganglion lymphatique (par exemple pulmonaire) OU granulomes sur FNA/tissu). La troisième catégorie n’était pas la tuberculose (ne remplissait pas les critères des deux autres catégories). La précision diagnostique Ultra a également été rapportée séparément en utilisant uniquement une culture positive comme norme de référence.

L’estimation de la taille de l’échantillon dans les études de précision diagnostique dépend de la prévalence de la maladie . Nous nous attendions à une prévalence élevée de la tuberculose sur la base d’une étude pilote que nous avons menée sur la biopsie par carottage chez les patients séropositifs, dont 92% avaient une lymphadénite tuberculeuse , mais la proportion de patients atteints de tuberculose dans notre étude était plus faible que prévu (40%) dans une phase pilote de notre étude. Nous avons estimé que la sensibilité et la spécificité de l’Ultra seraient toutes deux d’environ 90 % sur la base de la méta-analyse Cochrane . Avec une prévalence de 40% de la tuberculose, une taille d’échantillon de 87 est nécessaire pour une largeur d’IC de 95% de 10% et une sensibilité et une spécificité de 90%. Nous avons gonflé la taille de l’échantillon à 100 en raison des incertitudes sur la précision diagnostique de l’Ultra.

Nous avons calculé la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive négative (VPN), la valeur prédictive positive (VPP) et les rapports de vraisemblance en définissant les vrais ou faux positifs et les vrais ou faux négatifs par rapport au standard de référence composite de la tuberculose probable ou certaine pour notre analyse primaire. Comme analyses secondaires, nous avons également déterminé la précision de l’Ultra en utilisant la culture mycobactérienne seule comme standard de référence. Les données ont été saisies dans une base de données REDCap® et analysées à l’aide du progiciel STATAv14 (StataCorp, College Station, Texas, USA). Les caractéristiques cliniques de base ont été comparées à l’aide du test du chi carré ou du test exact de Fisher pour les variables catégorielles et du test de Kruskal-Wallis pour les variables continues. Nous avons compté les tests non valides (c’est-à-dire les Ultra-erreurs) comme des résultats négatifs. Cette étude a été rapportée conformément aux directives des Standards for Reporting of Diagnostic Accuracy Studies.