Le lait est refroidi dans la laiterie et transporté dans des camions-citernes réfrigérés pour être transformé. Le lait non réfrigéré deviendrait rapidement aigre en raison de la production d’acide par les lactobacilles. Même s’il est conservé au réfrigérateur, le lait cru tourne rapidement sous l’action de bactéries psychrophiles (tolérantes au froid). Celles-ci produisent des protéinases et des lipases qui dégradent à la fois les protéines et les graisses du lait, provoquant des goûts rances et amers et la coagulation.

Un type inhabituel de bactérie qui peut se développer est appelé Alcaligenes viscolactis cela produit des fils collants d’exopolysaccharide dans le lait appelé ropiness.

Le lait pasteurisé produit dans des usines modernes et hygiéniques se conserve au moins 10 jours au réfrigérateur. Des bactéries sporulées ou tolérantes à la chaleur peuvent survivre au traitement thermique et le lait peut également être contaminé après le chauffage par des psychrophiles dans l’environnement de l’usine. Les effets d’altération sont les mêmes que pour le lait cru, mais prennent beaucoup plus de temps à se développer car le nombre initial de microbes est faible. Parfois, les altérations sont dues à des enzymes microbiennes qui passent à travers le chauffage. Une forme d’altération souvent observée en été est la « bitty cream » où les enzymes produites par le spore-former Bacillus cereus provoquent la formation de particules grasses protéiques.

De nos jours, peu de gens boivent du lait entier, ils préfèrent les options plus faibles en matières grasses du lait écrémé ou semi-écrémé. Il est intéressant de noter que ces derniers s’altèrent plus rapidement que le lait entier car il y a des étapes supplémentaires dans le processus de fabrication où la graisse est retirée, et dans le cas du demi-écrémé, une partie remise, avant que le produit ne soit emballé. Cela offre plus de possibilités de contamination microbienne.

Le lait UHT et le lait stérilisé n’ont pas besoin d’être conservés au réfrigérateur tant que leurs récipients sont maintenus fermés. Une fois le récipient ouvert, les microbes peuvent pénétrer dans le lait et celui-ci doit être conservé au frais pour ralentir leur croissance.