Un processus critique dans le développement embryonnaire est l’activation et la localisation spatiale des ARNm à des cellules et des territoires spécifiques de l’embryon. Révéler la distribution spatiale des ARNm et la façon dont elle change au cours du développement est une information essentielle qui aide à comprendre les gènes de signalisation et de régulation pilotant des réseaux de régulation génique spécifiques. En laboratoire, une méthode économique et fiable pour déterminer la distribution spatiale des ARNm dans les embryons est l’hybridation in situ. Cette méthode sensible et simple utilise des sondes d’ARN antisens exogènes pour trouver des séquences spécifiques et complémentaires dans des embryons fixés. Les fragments antigéniques conjugués aux ribonucléotides incorporés dans la sonde réagissent avec les anticorps, et de nombreuses méthodes de coloration peuvent ensuite être utilisées pour révéler la distribution spatiale de l’ARNm ciblé. La qualité des données produites par cette méthode est équivalente à l’expérience du chercheur, et donc une compréhension approfondie des nombreuses étapes de cette méthode est importante pour obtenir des données de haute qualité. Nous compilons et résumons ici plusieurs protocoles qui ont été employés principalement sur cinq espèces d’oursins dans de nombreux laboratoires à travers le monde. Bien que les protocoles puissent varier selon les espèces, les étapes principales sont similaires et peuvent être facilement maîtrisées. Lorsqu’elle est réalisée correctement et avec soin, l’hybridation in situ est un outil puissant fournissant des données non ambiguës pour lesquelles il n’existe actuellement aucun substitut comparable, et elle continuera d’être une méthode importante à l’ère du big data et au-delà.