Exploración de las relaciones genómicas a nivel de genes y SNP mediante el análisis de enriquecimiento, similitud y redes

El objetivo central de XGR es proporcionar un sistema de interpretación de datos. Está diseñado para hacer que una lista de genes o SNP definida por el usuario sea más interpretable mediante la utilización exhaustiva de la ontología y la información de la red para revelar las relaciones y mejorar las oportunidades de descubrimiento biológico. XGR es único en el apoyo a una amplia gama de ontologías (incluyendo el conocimiento de las funciones biológicas y moleculares, vías, enfermedades y fenotipos – tanto en humanos como en ratones) y diferentes tipos de redes (incluyendo las interacciones funcionales, físicas y vías). Hay dos funcionalidades básicas del XGR. La primera son las infraestructuras básicas para acceder fácilmente a las ontologías y redes incorporadas. La segunda son las funciones extensibles, que ahora incluyen 1) el análisis de enriquecimiento utilizando ontologías incorporadas o personalizadas, 2) el análisis de similitud para calcular la similitud semántica entre los genes (o SNPs) basándose en sus perfiles de anotación ontológica, y 3) el análisis de redes para la identificación de redes de genes dada una lista de consulta de genes o SNPs (significativos). Junto con su aplicación web, XGR pretende ofrecer una herramienta fácil de usar para explorar las relaciones genómicas a nivel de genes y SNP.