Sievers fue juzgado durante el Juicio a los Médicos en Nuremberg tras el final de la Segunda Guerra Mundial, donde fue apodado «el nazi Barba Azul» por el periodista William L. Shirer debido a su «espesa barba negra como la tinta». El Instituto de Investigación Científica Militar había sido creado como parte de la Ahnenerbe, y la acusación en Nuremberg responsabilizó a la Ahnenerbe de los experimentos en humanos que se habían realizado bajo sus auspicios. Sievers, como su máximo responsable administrativo, fue acusado de ayudar y promover activamente los experimentos criminales.

Sievers fue acusado de ser miembro de una organización declarada criminal por el Tribunal Militar Internacional (las SS), y fue implicado en la comisión de crímenes de guerra y crímenes contra la humanidad. En su defensa, alegó que ya en 1933 había sido miembro de un movimiento de resistencia antinazi que planeaba asesinar a Hitler y a Himmler, y que había obtenido su nombramiento como director de la Ahnenerbe para acercarse a Himmler y observar sus movimientos. Además, afirmó que permaneció en el puesto por consejo de su líder de la resistencia para reunir información vital que ayudara al derrocamiento del régimen nazi.

Sievers fue condenado a muerte el 20 de agosto de 1947 por crímenes contra la humanidad, y colgado el 2 de junio de 1948, en la prisión de Landsberg, en Baviera.