El trabajo filosófico de Franke se entrelaza con su producción como teórico de la literatura comparada. Su enfoque interdisciplinar se centra en la Divina Comedia de Dante leída como revelación teológica en lenguaje poético. Su libro El viaje interpretativo de Dante (1996) construye una interpretación de la Comedia en diálogo con la teoría hermenéutica alemana (Heidegger, Gadamer, Fuchs, Ebeling, Bultmann). La continuación, Dante y el sentido de la transgresión: La transgresión del signo (2012), la complementa poniendo en diálogo la Comedia con el pensamiento francés contemporáneo de la diferencia (Bataille, Blanchot, Barthes, Levinas, Derrida). A la vez que utilizan los instrumentos de la teoría literaria contemporánea para leer el poema de Dante, estos libros también se apoyan en la visión teológica medieval de Dante para lanzar críticas contra el pensamiento moderno olvidadizo de sus fundamentos en fuentes que trascienden la justificación racional y sólo pueden ser imaginadas.

El trabajo de crítica especulativa de Franke impulsado por la reflexión filosófica se plasma en una poética integral de la revelación a partir de Poesía y Apocalipsis: Revelaciones teológicas del lenguaje poético (2009). Esto implica una construcción de la tradición épica cristiana que se extiende hacia atrás desde James Joyce hasta los textos fuente esenciales de Dante en la antigüedad y la Edad Media con La revelación de la imaginación: From the Bible and Homer through Virgil and Augustine to Dante (2015). Moviéndose en la dirección opuesta, Secular Scriptures: Modern Theological Poetics in the Wake of Dante (2016) rastrea la herencia de la visión teológica de Dante hacia la era moderna de la poesía y la poética profética secularizada. Estas intervenciones críticas son al mismo tiempo empleos teóricos de la literatura para abordar algunos de los principales problemas intelectuales de nuestro tiempo, empezando por el estatus del conocimiento como ciencia y como revelación.

Franke ha publicado más de un centenar de ensayos y artículos de interpretaciones filosóficas y teológicas de la literatura que van desde los profetas bíblicos y los poetas clásicos hasta Shakespeare y Milton, Dickinson, Baudelaire, Edmond Jabès y Paul Celan. Estos ensayos abordan también temas teóricos como la lógica dialéctica y deconstructiva, la retórica figurativa, el psicoanálisis como hermenéutica de la subjetividad, la razón crítica postsecular y la teoría cultural tras la muerte de Dios. Los de tendencia más literaria-crítica incluyen intervenciones sobre el debate del canon, la literatura mundial, la ética poscolonial y las (no) identidades posmodernas.