Durante la Guerra de la Independencia Americana, William Flora luchó, bajo el mando del Coronel William Woodford, en las Fuerzas del Estado de Virginia, en la Batalla de Great Bridge, en diciembre de 1775, donde es ampliamente reconocido, como el héroe patriota, de la batalla. Un centinela en el puente informó que fue el último en cruzar, mientras los británicos avanzaban. Mientras Flora se retiraba de su puesto, bajo un intenso fuego, de la línea británica, al arrancar un tablón del puente. Esto hizo que el cruce británico, bajo el fuego de los Patriotas, fuera imposible. Como resultado, los británicos se vieron obligados a retirarse, a sus barcos. La única baja, un soldado, con un pulgar herido, del lado americano sobrevivió, para hablar muy bien de William Flora y su valor.

De acuerdo con el Ejército Continental, las listas de reclutamiento y pago, William Flora, en noviembre de 1776, sirvió, bajo la «compañía del Capitán William Grymes del 15º Regimiento de Virginia», que participó en las batallas de Brandywine y Germantown de 1777 y en la batalla de Monmouth de 1778. Mientras, con sus compañeros, en Carolina del Sur, Flora evitó ser capturada, por los británicos, en el Sitio de Charleston de 1780. donde la mayoría del regimiento fue capturado. Durante la guerra, debido a que la unidad se fue reduciendo, se consolidó, en el 11º Regimiento de Virginia y finalmente, en el 5º Regimiento de Virginia, hasta el final de la guerra. Flora también, luchó en la batalla de Yorktown, en 1781.