Los barcos incendiarios eran un concepto bien conocido en la ruptura de bloqueos. Se cargaba un barco con explosivos y se dejaba libre para que se adentrara en la flota enemiga, explotando al contacto. El buzo incendiario estaba previsto que funcionara según un principio similar: se sumergía bajo un buque enemigo, fijaba una mina activada eléctricamente en su casco y escapaba, encendiendo la mina desde una distancia segura. La técnica, más o menos igual, fue empleada por todos los diseños de submarinos militares de la época, como el Explorer de Julius Kröhl, el U.S.S. Alligator de Brutus de Villeroi y el famoso Hunley, que se convirtió en el primer submarino en hundir un buque enemigo.

Después de que el modelo del submarino, construido por el propio Bauer, demostrara que funcionaba, se le concedió suficiente dinero para construir un submarino a escala real. Pero las autoridades militares seguían estando en gran medida en contra del plan de Bauer y le obligaron a cambiar sus diseños para reducir los costes.

El Brandtaucher terminado, construido por August Howaldt de la posterior Howaldtswerke tenía 28 pies de largo y pesaba unas 70.000 libras. Como en aquella época no se disponía de un sistema de propulsión mecánica adecuado, el submarino era impulsado por dos marineros que giraban una gran rueda de rodadura con las manos y los pies. El tercer miembro de la tripulación, el capitán, se situaba en la popa del submarino. Su trabajo consistía en manejar los timones y otros controles. Al llegar bajo el barco objetivo, el capitán extendía la mano a través de un guante de gutapercha (goma) fijado a una abertura del casco, agarraba la mina situada al alcance en el casco del submarino y la fijaba en el objetivo.

Si el Brandtaucher se hubiera construido según los diseños originales de Bauer, habría logrado la inmersión llenando varios tanques con agua de mar. Sin embargo, en la versión modificada, el propio buque debía estar parcialmente inundado de agua, lo que hacía que el submarino fuera peligrosamente inestable. Además, el grosor del casco y las dimensiones de las bombas debían reducirse considerablemente.

Las primeras pruebas del submarino tuvieron lugar en diciembre de 1850. Aunque Bauer quería hacer varias mejoras del submarino, los militares ordenaron una demostración pública el 1 de febrero de 1851.

Esta demostración pública casi terminó en un desastre. Después de alcanzar una profundidad de 30 pies, la embarcación comenzó a hundirse por la popa. A medida que el submarino se hundía, las delgadas paredes no pudieron soportar más la presión del agua y comenzaron a agrietarse. La presión del agua resultó ser demasiado para las débiles bombas y la rueda de la hélice se dañó cuando la nave comenzó a quillarse. El submarino se hundió lentamente en el puerto de Kiel y durante seis horas Bauer y sus marineros tuvieron que esperar en el interior de la nave hundida hasta que entró suficiente agua. Esto aumentó la presión del aire dentro del submarino y finalmente permitió a los hombres abrir la escotilla bloqueada. Como el submarino quedó enterrado en el fondo del mar, su tripulación salió a la superficie ilesa. Esta fue la primera fuga de un submarino de la que se tiene constancia.

El submarino hundido fue rescatado en 1887 y ahora se puede visitar en el museo de historia militar de Dresde, Alemania (Militärhistorisches Museum der Bundeswehr).