En 2002, se identificaron mutaciones en el gen aristaless-related homeobox (ARX; Xp21.3) ligado al X en individuos con XLAG y en algunos de sus familiares femeninos. El Arx de ratón y el ARX humano se expresan altamente en el telencéfalo dorsal y ventral, incluyendo la zona ventricular neocortical y la zona germinal de la eminencia ganglionar, con señales menos intensas en la zona subventricular, la placa cortical, el hipocampo, los ganglios basales y el tálamo ventral. Los ratones deficientes en Arx mostraron una migración tangencial deficiente y una diferenciación anormal de las interneuronas GABAérgicas en la eminencia ganglionar y el neocórtex, así como una diferenciación testicular anormal. Estas características incluyen algunos de los rasgos clínicos del XLAG en humanos. Las mutaciones de ARX en los pacientes con XLAG eran predominantemente mutaciones de terminación prematura (deleciones grandes, frameshift, mutaciones sin sentido, mutaciones en el sitio de empalme) mientras que las mutaciones sin sentido eran menos comunes y estaban localizadas esencialmente en el dominio homeobox. Los pacientes portadores de mutaciones missense no conservadoras dentro del homeobox, mostraron un XLAG menos grave, mientras que la sustitución conservadora en el homeodominio causó el síndrome de Proud (ACC con genitales anormales). Una mutación sin sentido no conservadora cerca del dominio aristaless C-terminal causó un XLAG inusualmente grave con microcefalia e hipoplasia cerebelosa leve. Las mutaciones ARX también se asocian a un espectro de fenotipos más leves, sin malformaciones macroscópicas del cerebro, como los espasmos infantiles ligados al X, un síndrome que presenta retraso mental asociado a movimientos distónicos distales (síndrome de Partington; véase este término), rasgos autistas y déficit intelectual no sindrómico.