En dos fases de estudio (2003 y 2008) se han investigado parámetros de contaminación orgánica, se han investigado los parámetros de contaminación orgánica, de nutrientes y de sales en el bajo Werra con el fin de estimar la importancia de estos diferentes tipos de contaminación para el componente de calidad de los macroinvertebrados según la Directiva Marco Europea del Agua. Las investigaciones químicas y biológicas se han llevado a cabo comparando un tramo «de referencia» sin contaminación por sal con el tramo contaminado por sal debido a la industria minera de la potasa desde Vacha hasta Hannoversch Münden, cerca de la desembocadura del Werra. Los resultados muestran que las diferencias drásticas entre los conjuntos de macroinvertebrados del Werra aguas arriba y aguas abajo de los tramos contaminados con sal están claramente causadas por la carga de sal. Los otros tipos de impactos químicos no son responsables del cambio fundamental observado en la composición del conjunto de invertebrados bentónicos. La degradación general de la morfología del arroyo, indicada por los macroinvertebrados, muestra un buen estado ecológico para la parte no contaminada por la sal del río y un mal estado para los lugares contaminados por la sal del bajo Werra.