Un proceso crítico en el desarrollo embrionario es la activación y localización espacial de los ARNm en células y territorios específicos del embrión. Revelar la distribución espacial de los ARNm y cómo cambia durante el desarrollo es una información vital que ayuda a comprender la señalización y los genes reguladores que impulsan redes específicas de regulación genética. En el laboratorio, un método rentable y fiable para determinar la distribución espacial de los ARNm en los embriones es la hibridación in situ. Este método sensible y sencillo emplea sondas exógenas de ARN antisentido para encontrar secuencias específicas y complementarias en embriones fijados. Los motivos antigénicos conjugados con los ribonucleótidos incorporados en la sonda reaccionan de forma cruzada con los anticuerpos, y posteriormente se pueden emplear numerosos métodos de tinción para revelar la distribución espacial del ARNm objetivo. La calidad de los datos producidos por este método es equivalente a la experiencia del investigador, por lo que es importante conocer a fondo los numerosos pasos que componen este método para obtener datos de alta calidad. Aquí recopilamos y resumimos varios protocolos que se han empleado principalmente en cinco especies de erizos de mar en numerosos laboratorios de todo el mundo. Mientras que los protocolos pueden variar para las diferentes especies, los pasos generales son similares y pueden ser fácilmente dominados. Cuando se lleva a cabo de forma adecuada y cuidadosa, la hibridación in situ es una poderosa herramienta que proporciona datos inequívocos para los que actualmente no existe un sustituto comparable y seguirá siendo un método importante en la era de los grandes datos y más allá.